Dirección: Avenida Arenales Nº 1256. Lima.Instituido el 28 de febrero de 1918.
Inicialmente fue organizado como colección privada propiedad del Dr. Javier Prado, quien posteriormente la donó a la Universidad Mayor de San Marcos. Hacia 1935, se traslada al local que hoy ocupa, para tal efecto se planeó el funcionamiento del museo, asignando ambientes para laboratorio, gabinetes de trabajo, salas de conservación y exposición.
Actualmente reúne, conserva y expone series de ejemplares, comunes y exóticos, de especie marinas, aves, mamíferos, insectos, etc. Algunas de estas colecciones fueron tomadas por el viajero y sabio italiano don Antonio Raimondi, cuyo herbario colectado durante sus viajes de exploración por las distintas regiones del territorio nacional a mediados del siglo XIX.
La colección fue complementada con la colección del botánico don Augusto Weberbauer y otros coleccionistas como el Dr. Ferreyros. Como criterio didáctico el museo está dividido en regiones y éstas en secciones: mamíferos y aves, peces y moluscos, mineralogía y el jardín botánico.
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